2016年4月，云南省委、省政府和省国资委深入贯彻落实中央关于全面深化国企改革的重大战略部署，推动原云南建工集团、十四冶建设集团和西南交通建设集团3家大型国有企业整合重组为云南省建设投资控股集团有限公司，按照云南建投集团“大重组、大整合、大融合、大发展”的要求，2016年7月6日由十四冶建设集团云南水利水电工程有限公司变更登记为云南建投第二水利水电建设有限公司，为云南建投集团下属的国有独资施工总承包企业。

为做专做精水利水电业务，2014年3月，公司成功变更登记为十四冶建设集团云南水利水电工程有限公司，增加注册资本金至1.2亿元，以水利水电工程为主营业务，公路、市政、房建等多元业务协同发展。

2003年按国家政策改制重组，2005年7月重组为十四冶建设云南机械化工程有限公司，并顺利通过了云南省建设厅的资质审定，主要经营房屋建筑工程、公路工程、市政工程、水利水电工程等业务。

云南建投第二水利水电建设有限公司始创于1983年1月，前身是中国有色金属工业总公司第十四冶金建设公司机械化施工工程公司，为国家建设部审定的贰级总承包施工企业，以大型土石方工程、矿山工程、小型水利工程施工为主，最早隶属于有色金属工业总公司，2001年随十四冶划归云南省管辖。